Bashkëpunimet kryesore të ISKK me institucione të tjera:

Instituti i Studimeve për Krimet dhe Pasojat e Komunizmit është një Institut i pavarur i cili raporton për aktivitetin e tij Kuvendit te Shqiperise.

Bashkëpunimi kryesor vitet e fundit Instituti e ka pasur me Ministrinë e Arsimit ku po vazhdon të zbatohet marrëveshja dypalëshe e nënshkruar në vitin 2013. Falë këtij bashkëpunimi, ISKK Instituti i Zhvillimit Arsimor dhe Drejtoria Arsimore Tirane dakortësuan nje projekt pilot i cili mundësoi ISKK të zhvillojë projekte edukative dhe informuese në Gjimnazet e Tiranës.

Gjithashtu nga ky bashkëpunim ISKK po punon për ndryshimin e teksteve shkollore mbas 27 vjetesh.

ISKK mban një bashkëpunim të ngushtë me Institutin e Rehabilitimit të Ish të Përnjdekurve Politik, si dhe me Autoritetin per Informimin mbi Dokumetat e Ish Sigurimit të Shtetit me të cilët kemi edhe nje Marrëveshje Bashkëpunimi.

Në organizimin e konferencave dhe projekteve të ndryshme kemi bashkëpunuar me Instutcione të tjera shtetërore si Akademia Shkencave, Muzeu Historik Kombëtar, Ministrinë e Kulturës,Biblioteka Kombëtare, Ministria e Drejtësisë dhe Kuvendin e Shqipërisë.

Për dokumente dhe informacione partnerët tanë janë Drejtoria e Përgjithsme e Arkivave, Arkivi i Shërbimit Informativ Shtetëror dhe Arkivi i Ministrisë së Brendshme.

Partnerë të tjerë janë OSBE (Organizata per Siguri dhe Bashkepunim ne Europe), Fondacioni Gjerman Konrad Adenauer i cili mundëson edhe botimin e Fjalorit Enciklopedik,  OJQ Instituti per Demokraci Media dhe Kulturë (IDMC) dhe OJQ Instituti i Studimeve Historike Lumo Skëndo.